根據(jù)《審計法》,、《審計法實施條例》,、《國家審計基本準則》等的規(guī)定,，環(huán)境行政審計程序大致分為以下四個階段：

一是準備審計階段。這一階段的主要工作內(nèi)容是：

(1)根據(jù)審計項目計劃確定的審計事項組成審計組,，并指定審計組組長,。審計組實行組長負責(zé)制。

(2)由審計組編制審計方案,。審計方案的內(nèi)容包括編制審計方案的依據(jù),；被審計單位的名稱和基本情況；審計的范圍,、內(nèi)容,、目標、重點,、實施步驟和預(yù)定時間,；審計組組長、審計組成員名單及其分工,；編制審計方案的日期,。審計方案經(jīng)審計組所在部門領(lǐng)導(dǎo)或者審計機關(guān)主管領(lǐng)導(dǎo)批準后，由審計組負責(zé)實施,。

(3)送達審計通知書,。審計機關(guān)應(yīng)當(dāng)在實施審計3日前，向被審計單位送達,。審計通知書的內(nèi)容包括被審計單位名稱,；審計的依據(jù)、范圍,、內(nèi)容,、方式和時間；審計組組長和其他成員名單,；對被審計單位配合審計工作的具體要求,；審計機關(guān)公章及簽發(fā)日期。審計機關(guān)認為需要被審計單位自查的,，應(yīng)當(dāng)在審計通知書中寫明自查的內(nèi)容,、要求和期限。

二是實施審計階段,。實施階段是具體開展審計活動的階段,，它是整個審計監(jiān)督工作過程中的一個關(guān)鍵階段。這一階段的主要任務(wù)是做好查證核實工作,。審計人員依照確定的審計方案,，通過審查被審計單位銀行帳戶、會計憑證,、會計帳簿,、會計報表,，查閱與審計事項有關(guān)的文件、資料,，檢查現(xiàn)金,、實物、有價證券,，向有關(guān)單位和個人調(diào)查等方式進行審計,，并取得證明材料。審計人員向有關(guān)單位和個人進行調(diào)查時,，應(yīng)當(dāng)出示審計人員的工作證件和審計通知書副本,。審計中如有特殊需要，可以指派或者聘請專門機構(gòu)或者有專門知識的人員,，對審計事項中某些專門問題進行鑒定,。審計人員實施審計時，應(yīng)當(dāng)對審計工作進行記錄,，編制審計工作底稿,。審計工作底稿的主要內(nèi)容包括被審計單位的名稱；審計項目的名稱以及實施的時間,；審計過程記錄,；編制者的姓名及編制日期；復(fù)核者(一般為審計組組長)的姓名及復(fù)核日期,；索引號及頁次,；其他應(yīng)說明的事項。

三是提出報告階段,。審計組實施審計活動終結(jié),，應(yīng)當(dāng)向?qū)徲嫏C關(guān)提出審計報告剛。審計報告應(yīng)當(dāng)在實施審計終了后15日內(nèi)提出,，特殊情況下,，經(jīng)批準，提出審計報告的時間可以適當(dāng)延長,。審計組向?qū)徲嫏C關(guān)提交審計報告前,，應(yīng)當(dāng)征求被審計單位對審計報告的意見。被審計單位自收到審計報告之目起10日內(nèi),，提出書面意見,。如果在規(guī)定期限內(nèi)沒有提出書面意見的，視同無異議,。被審計單位對審計報告有異議的,，審計組應(yīng)當(dāng)進一步核實、研究。如有必要,，應(yīng)當(dāng)修改審計報告。審計組應(yīng)當(dāng)將審計報告,、被審計單位對審計報告的書面意見及審計組的書面說明,，一并報送審計機關(guān)。審計機關(guān)應(yīng)當(dāng)建立健全審計報告的復(fù)核制度,，由復(fù)核機構(gòu)或復(fù)核人員對審計報告的合法性,、合理性、準確性等進行復(fù)核,。審計報告經(jīng)復(fù)核后,，由審計機關(guān)最后進行審定。一般審計事項的審計報告,，可以由審計機關(guān)主管領(lǐng)導(dǎo)審定,；重大審計事項的審計報告，應(yīng)當(dāng)由審計機關(guān)業(yè)務(wù)會議審定,。

四是作出處理階段,。這是審計程序的最后階段。這一階段的主要任務(wù)是在前一個階段的基礎(chǔ)上,，審計機關(guān)依據(jù)審定的審計報告對審計事項作出評價,，出具審計意見書，對違反國家規(guī)定的財政收支,、財務(wù)收支行為以及違反《審計法》和其他行政審計方面的規(guī)范性法律文件的行為給予處理,、處罰。審計機關(guān)審定審計報告后,，應(yīng)當(dāng)根據(jù)不同情況,，分別作出以下處理：對審計事項作出評價，出具審計見書,。被審計單位如有違反國家規(guī)定的財政收支,、財務(wù)收支行為，且情節(jié)顯著輕微的,，可以在審計意見書中予以指明并令其糾正,；對有違反國家規(guī)定的財政收支、財務(wù)收支行為需要依法給予處理,、處罰的,，除應(yīng)當(dāng)對審計事項作出評價，出具審計意見書外,，還應(yīng)當(dāng)對違反國家規(guī)定的財政收支,、財務(wù)收支行為，在法定職權(quán)范圍內(nèi)作出處理、處罰的審計決定,。審計機關(guān)應(yīng)當(dāng)自收到審計報告之日起30日內(nèi),，將審計意見書和審計訣定書送達被審計單位和有關(guān)單位。審計決定書自送達之日起生效,。被審計單位如果不服審計決定,，可以依法申請復(fù)議，我國立法對不服審計具體行政行為的救濟程序的規(guī)定采用了復(fù)議前置原則,，即被審計的單位或個人如果不服審計機關(guān)針對自己所作的具體行政行為,，必須先提出行政復(fù)議申請，不得直接提起行政訴訟,。只有在不服復(fù)議決定,，且爭議的具體行政行為屬于人民法院行政訴訟受案范圍的情況下，被審計的單位或個人才能依法提起行政訴訟,。根據(jù)《審計法實施條例》第46條規(guī)定,，對地方審計機關(guān)作出的審計決定不服的應(yīng)先向上一級審計機關(guān)或者本級人民政府申請復(fù)議；對審計署作出的審計決定不服的,，應(yīng)當(dāng)先向?qū)徲嬍鹕暾垙?fù)議,。審計機關(guān)應(yīng)當(dāng)自收到復(fù)議申請書之日起2個月內(nèi)作出復(fù)議決定。遇有特殊情況的,，作出復(fù)議訣定的期限可以適當(dāng)延長,；但是，延長的期限最長不得超過2個月,，并應(yīng)當(dāng)將延長的期限和理由及時通知復(fù)議申請人,。