根據(jù)《審計(jì)法》,、《審計(jì)法實(shí)施條例》、《國家審計(jì)基本準(zhǔn)則》等的規(guī)定,，環(huán)境行政審計(jì)程序大致分為以下四個(gè)階段：

一是準(zhǔn)備審計(jì)階段,。這一階段的主要工作內(nèi)容是：

(1)根據(jù)審計(jì)項(xiàng)目計(jì)劃確定的審計(jì)事項(xiàng)組成審計(jì)組，并指定審計(jì)組組長,。審計(jì)組實(shí)行組長負(fù)責(zé)制,。

(2)由審計(jì)組編制審計(jì)方案。審計(jì)方案的內(nèi)容包括編制審計(jì)方案的依據(jù),；被審計(jì)單位的名稱和基本情況,；審計(jì)的范圍、內(nèi)容,、目標(biāo),、重點(diǎn),、實(shí)施步驟和預(yù)定時(shí)間,；審計(jì)組組長,、審計(jì)組成員名單及其分工；編制審計(jì)方案的日期,。審計(jì)方案經(jīng)審計(jì)組所在部門領(lǐng)導(dǎo)或者審計(jì)機(jī)關(guān)主管領(lǐng)導(dǎo)批準(zhǔn)后,，由審計(jì)組負(fù)責(zé)實(shí)施。

(3)送達(dá)審計(jì)通知書,。審計(jì)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)在實(shí)施審計(jì)3日前,，向被審計(jì)單位送達(dá)。審計(jì)通知書的內(nèi)容包括被審計(jì)單位名稱,；審計(jì)的依據(jù),、范圍、內(nèi)容,、方式和時(shí)間,；審計(jì)組組長和其他成員名單；對被審計(jì)單位配合審計(jì)工作的具體要求,；審計(jì)機(jī)關(guān)公章及簽發(fā)日期,。審計(jì)機(jī)關(guān)認(rèn)為需要被審計(jì)單位自查的，應(yīng)當(dāng)在審計(jì)通知書中寫明自查的內(nèi)容,、要求和期限,。

二是實(shí)施審計(jì)階段。實(shí)施階段是具體開展審計(jì)活動(dòng)的階段,，它是整個(gè)審計(jì)監(jiān)督工作過程中的一個(gè)關(guān)鍵階段,。這一階段的主要任務(wù)是做好查證核實(shí)工作。審計(jì)人員依照確定的審計(jì)方案,，通過審查被審計(jì)單位銀行帳戶,、會(huì)計(jì)憑證、會(huì)計(jì)帳簿,、會(huì)計(jì)報(bào)表,，查閱與審計(jì)事項(xiàng)有關(guān)的文件、資料,，檢查現(xiàn)金,、實(shí)物、有價(jià)證券,，向有關(guān)單位和個(gè)人調(diào)查等方式進(jìn)行審計(jì),，并取得證明材料。審計(jì)人員向有關(guān)單位和個(gè)人進(jìn)行調(diào)查時(shí),，應(yīng)當(dāng)出示審計(jì)人員的工作證件和審計(jì)通知書副本,。審計(jì)中如有特殊需要,，可以指派或者聘請專門機(jī)構(gòu)或者有專門知識(shí)的人員，對審計(jì)事項(xiàng)中某些專門問題進(jìn)行鑒定,。審計(jì)人員實(shí)施審計(jì)時(shí),，應(yīng)當(dāng)對審計(jì)工作進(jìn)行記錄，編制審計(jì)工作底稿,。審計(jì)工作底稿的主要內(nèi)容包括被審計(jì)單位的名稱,；審計(jì)項(xiàng)目的名稱以及實(shí)施的時(shí)間；審計(jì)過程記錄,；編制者的姓名及編制日期,；復(fù)核者(一般為審計(jì)組組長)的姓名及復(fù)核日期；索引號及頁次,；其他應(yīng)說明的事項(xiàng),。

三是提出報(bào)告階段。審計(jì)組實(shí)施審計(jì)活動(dòng)終結(jié),，應(yīng)當(dāng)向?qū)徲?jì)機(jī)關(guān)提出審計(jì)報(bào)告剛,。審計(jì)報(bào)告應(yīng)當(dāng)在實(shí)施審計(jì)終了后15日內(nèi)提出，特殊情況下,，經(jīng)批準(zhǔn),，提出審計(jì)報(bào)告的時(shí)間可以適當(dāng)延長。審計(jì)組向?qū)徲?jì)機(jī)關(guān)提交審計(jì)報(bào)告前,，應(yīng)當(dāng)征求被審計(jì)單位對審計(jì)報(bào)告的意見,。被審計(jì)單位自收到審計(jì)報(bào)告之目起10日內(nèi)，提出書面意見,。如果在規(guī)定期限內(nèi)沒有提出書面意見的,，視同無異議。被審計(jì)單位對審計(jì)報(bào)告有異議的,，審計(jì)組應(yīng)當(dāng)進(jìn)一步核實(shí),、研究。如有必要,，應(yīng)當(dāng)修改審計(jì)報(bào)告,。審計(jì)組應(yīng)當(dāng)將審計(jì)報(bào)告、被審計(jì)單位對審計(jì)報(bào)告的書面意見及審計(jì)組的書面說明,，一并報(bào)送審計(jì)機(jī)關(guān),。審計(jì)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)建立健全審計(jì)報(bào)告的復(fù)核制度，由復(fù)核機(jī)構(gòu)或復(fù)核人員對審計(jì)報(bào)告的合法性,、合理性,、準(zhǔn)確性等進(jìn)行復(fù)核。審計(jì)報(bào)告經(jīng)復(fù)核后,，由審計(jì)機(jī)關(guān)最后進(jìn)行審定,。一般審計(jì)事項(xiàng)的審計(jì)報(bào)告,，可以由審計(jì)機(jī)關(guān)主管領(lǐng)導(dǎo)審定；重大審計(jì)事項(xiàng)的審計(jì)報(bào)告,，應(yīng)當(dāng)由審計(jì)機(jī)關(guān)業(yè)務(wù)會(huì)議審定,。

四是作出處理階段。這是審計(jì)程序的最后階段,。這一階段的主要任務(wù)是在前一個(gè)階段的基礎(chǔ)上,，審計(jì)機(jī)關(guān)依據(jù)審定的審計(jì)報(bào)告對審計(jì)事項(xiàng)作出評價(jià),，出具審計(jì)意見書,，對違反國家規(guī)定的財(cái)政收支、財(cái)務(wù)收支行為以及違反《審計(jì)法》和其他行政審計(jì)方面的規(guī)范性法律文件的行為給予處理,、處罰,。審計(jì)機(jī)關(guān)審定審計(jì)報(bào)告后，應(yīng)當(dāng)根據(jù)不同情況,，分別作出以下處理：對審計(jì)事項(xiàng)作出評價(jià),，出具審計(jì)見書。被審計(jì)單位如有違反國家規(guī)定的財(cái)政收支,、財(cái)務(wù)收支行為,，且情節(jié)顯著輕微的，可以在審計(jì)意見書中予以指明并令其糾正,；對有違反國家規(guī)定的財(cái)政收支,、財(cái)務(wù)收支行為需要依法給予處理、處罰的,，除應(yīng)當(dāng)對審計(jì)事項(xiàng)作出評價(jià),，出具審計(jì)意見書外，還應(yīng)當(dāng)對違反國家規(guī)定的財(cái)政收支,、財(cái)務(wù)收支行為,，在法定職權(quán)范圍內(nèi)作出處理、處罰的審計(jì)決定,。審計(jì)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)自收到審計(jì)報(bào)告之日起30日內(nèi),，將審計(jì)意見書和審計(jì)訣定書送達(dá)被審計(jì)單位和有關(guān)單位。審計(jì)決定書自送達(dá)之日起生效,。被審計(jì)單位如果不服審計(jì)決定,，可以依法申請復(fù)議，我國立法對不服審計(jì)具體行政行為的救濟(jì)程序的規(guī)定采用了復(fù)議前置原則,，即被審計(jì)的單位或個(gè)人如果不服審計(jì)機(jī)關(guān)針對自己所作的具體行政行為,，必須先提出行政復(fù)議申請，不得直接提起行政訴訟,。只有在不服復(fù)議決定,，且爭議的具體行政行為屬于人民法院行政訴訟受案范圍的情況下,，被審計(jì)的單位或個(gè)人才能依法提起行政訴訟。根據(jù)《審計(jì)法實(shí)施條例》第46條規(guī)定,，對地方審計(jì)機(jī)關(guān)作出的審計(jì)決定不服的應(yīng)先向上一級審計(jì)機(jī)關(guān)或者本級人民政府申請復(fù)議,；對審計(jì)署作出的審計(jì)決定不服的，應(yīng)當(dāng)先向?qū)徲?jì)署申請復(fù)議,。審計(jì)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)自收到復(fù)議申請書之日起2個(gè)月內(nèi)作出復(fù)議決定,。遇有特殊情況的，作出復(fù)議訣定的期限可以適當(dāng)延長,；但是,，延長的期限最長不得超過2個(gè)月，并應(yīng)當(dāng)將延長的期限和理由及時(shí)通知復(fù)議申請人,。