(一)立案

工程合同糾紛在立案階段,，需要審查的除了《民事訴訟法》上規(guī)定的立案條件外，就案由,、管轄等方面需要特別重視和加強審查,。

合同立案的審查主要包括兩個方面,，審查案由和審查管轄。

1,、審查案由

實踐中,，大量建設工程施工合同糾紛是以其他類型合同形式出現(xiàn)。例如,，名為合作建房實為建設工程施工合同的糾紛,；名為房屋買賣實為建設工程施工合同的糾紛；名為建設工程施工合同而實為合資合作開發(fā)房地產(chǎn)合同糾紛,。因此不僅要審查基礎合同的形式,，還要對基礎合同的內容進行基本審查。

2,、審查管轄

根據(jù)最高人民法院司法解釋的規(guī)定,，建設工程施工合同不再如一般不動產(chǎn)案件適用專屬管轄規(guī)定，而是適用一般合同地域管轄,，即由被告住所地或合同履行地法院管轄,。

在建設工程施工合同中，合同履行地就是施工行為地,，一般是施工合同項下建筑物所在地,。以合同履行地作為管轄地符合便于人民法院審理和便于人民群眾訴訟的“兩便原則”。但需要注意的是,，作為一般合同地域管轄,，當事人還可以在書面合同中協(xié)議選擇由合同訂立地、原告所在地,、標的物所在地人民法院管轄,。

(二)訴訟前的準備

首先，在庭前準備程序中,，除進行證據(jù)交換和對證據(jù)初步質證工作外,，通常需要進行司法鑒定工作。

一般有以下幾種情況：對工程造價進行審核,；對延誤工期造成的損失進行審核,；對已付工程款、墊付材料款等財務憑證進行審核,；對相關有爭議的簽證,、結算材料印鑒或簽名真實性進行審核；對工程質量進行鑒定并設計修復方案以及對修復方案所需費用作出預算等,。

在建設工程施工合同案件的審理過程中,，司法鑒定幾乎涵蓋了所有的鑒定內容。因此在庭前準備階段,，對當事人是否在舉證期限內提出鑒定申請,、是否予以準許,、當事人未提出申請是否需要證據(jù)釋明等問題均需要認真審查，并根據(jù)實際情況作出處理,。

其次,，在庭前準備中須注意被告的反訴與抗辯問題。

在建設工程施工合同案件審理過程中,，經(jīng)常發(fā)生被告將反訴內容作為答辯意見提出,，要求直接在本訴中抵扣的情況。針對這種情況,，法官應當準確判斷上述主張屬于抗辯還是屬于反訴，并根據(jù)個案情況分別作出釋明,。

在作這類型的判斷中,，勢必對基礎合同條款進行詳細審查，而不能簡單地進行判斷,。如在建設工程施工合同案件中,，最常見的情形是，承包人向發(fā)包人主張工程欠款,，而發(fā)包人以承包人逾期竣工或工程存在質量問題要求承包人承擔違約賠償責任,。此類答辯意見，一般認為屬于反訴請求,。但有些施工合同條款中約定了上述違約責任應當在工程款結算中直接抵扣,，或原告同意在本訴中根據(jù)雙方合同的約定直接結算抵扣，對此類情形,，法官也可以在本訴中一并處理,，而不必要求被告提起反訴。

(三)審理

在建設工程施工合同案件庭審中,，一般除了對合同條款,、履行情況進行庭審調查外，對以下幾個方面也需要進行具體審查：

1,、對建設工程施工項目相關手續(xù)的審查,。

建設工程施工既是發(fā)包人與承包人之間的合同關系，同時因建設工程施工合同標的的特殊性,，行政主管機關對建設工程施工項目也有相應的管理職責,。

2、對建設工程施工合同履行過程的審查,。

工程施工合同履行期間比 較長,，少則一兩個月，長則一兩年,，甚至有些施工工程由于資金,、技術等方面的原因,，可能斷斷續(xù)續(xù)施工建設多年才完工。在施工過程中,，承包人和發(fā)包人之間的聯(lián)系,、產(chǎn)生糾紛、解決糾紛的情況可以說是經(jīng)常發(fā)生的,。也許在這些問題產(chǎn)生之際,，雙方尚未發(fā)展到需要對簿公堂的地步，通過協(xié)商可能當時就可以解決問題或者因雙方達成諒解而對問題予以忽略,。

但是,，一旦承、發(fā)包人之間產(chǎn)生訴訟,，可能這些以前積累下來的小問題都會被作為對方違約的事實,、理由而提出。這就需要法官全面審查合同履行經(jīng)過,，從而正確判斷案件的訴因,，找到糾紛發(fā)生的導火線。通過對合同履行過程的全面審查,，還能夠對造價,、付款、工期,、質量等案件關鍵事實有一個全面了解,。

3、對司法鑒定結論一般需要在庭審中進行質證,，充分聽取雙方當事人的質證意見,。

在建設工程施工合同糾紛中，有時會涉及工程審價,、工程款審核,、審計等司法鑒定內容。這些鑒定內容,，從性質上屬于當事人提供的證據(jù)材料,，但從內容上卻是確定案件基本事實，特別是存在爭議的事實的主要依據(jù),。一般而言,，雙方對工程造價有爭議的，最終裁判結果在很大程度上由工程審價結論決定,。

而承包人主張因發(fā)包人原因導致其停工,、窩工損失的，無論是停工,、窩工的天數(shù)還是停工,、窩工具體損失的數(shù)額,，除非合同有特別約定，一般也是由工期審價結論來作出確定,。正是由于司法鑒定結論對案件最終結果具有舉足輕重的作用,，因此對鑒定結論應當在庭審中進行正式的質證，由鑒定人對雙方當事人的質證意見發(fā)表專業(yè)意見,，從而使得法官(合議庭)對鑒定結論是否足以成為定案證據(jù)作出正確判斷,。