商標異議制度存在一定的負面作用,。主要表現在：

首先，從制度設計的角度來看,，異議程序雖然不是每一個申請注冊商標都必須經歷的程序（據統(tǒng)計,，被異議商標的數量約為初步審定公告商標的2%-3%），但異議期間卻是從初步審定到獲準注冊所必須經歷的,。即使沒有發(fā)生商標異議,，初步審定公告的商標也要等到三個月的異議期滿后才能獲準注冊，從而延長了商標不受法律保護的空白期,。因為少部分初步審定商標可能存在瑕疵而使大部分沒有問題的商標跟著一起權利待定,，此種規(guī)定是否合理曾經引發(fā)爭論。

其次,，被提出異議的商標也只是可能存在瑕疵,，其最終能否獲準注冊，還需經有關機關的審查,。從商標局異議裁定工作的實際情況看,，裁定異議成立不予注冊的商標不到整個異議案件的50%。造成這種情況的原因在于：第一,，部分異議人的認識不到位，維權心情過于迫切,、害怕被侵權的心理過于敏感,，對其實并不侵害自己權益的商標也提出了異議；第二,，部分異議人對商標異議工作不夠了解,，未能充分闡述異議理由；第三,，部分異議人對舉證不重視,，雖然提出了主張，但缺乏充足證據來證明,，致使其異議理由得不到商標局支持,。由于商標一旦被提出異議，就不能及時確權,，異議裁定的時間又比較長（目前,，商標局異議裁定需要兩年多時間，如果當事人對商標局裁定不服提出異議復審的,，評審時間可能更長,。如果當事人對評審裁定依然不服的,，還可以向人民法院提起訴訟），造成被異議商標的權利長期處于待定狀態(tài),，不利于被異議人圍繞被異議商標開展經營活動,。

再次，還可能出現惡意異議的情況,，即出于不正當的目的利用商標異議程序阻止他人的商標及時注冊,。實踐中存在兩種類型：第一，利用異議程序敲詐對方當事人,。例如,，曾經有某自然人針對國內一家知名的飲用水生產企業(yè)申請注冊的商標提出異議，然后通知被異議人,，要求被異議人支付20萬元作為代價換取其撤回異議,。第二，利用異議程序作為打擊競爭對手的手段,。例如,，某公司原本就在仿冒競爭對手的商標，在得知對方已經申請注冊商標后,，就提出商標異議,，阻止其注冊。然后,，趁異議裁定期間對方商標不享有專用權之機大肆仿冒,。針對惡意異議的情況，《商標法實施條例》第二十三條規(guī)定,，“經異議裁定核準注冊的商標,，自該商標異議期滿之日起至異議裁定生效前，對他人在同一種或者類似商品上使用與該商標相同或者近似的標志的行為不具有追溯力,；但是,，因該使用人的惡意給商標注冊人造成的損失，應當給予賠償,?！睋耍瑦阂猱愖h人在異議裁定期間于相同或類似商品上使用與被異議商標相同或近似的商標具有不法性,，并需承擔賠償責任,。同時，對于借用商標異議程序敲詐,、勒索被異議人的,，被異議人可以提供相關證據請求商標局提前裁定異議案件。