一,、保稅區(qū)貨物的報關分為進出境報關和進出區(qū)報關,。

1、進出境報關,。保稅區(qū)貨物進出境報關采用報關制和備案制相結合的運行機制,，即保稅區(qū)與境外之間進出境貨物，屬自用的,，采用報關制，要填寫進出口報關單,；屬非自用的,，包括加工、轉(zhuǎn)口和倉儲,，采取備案制，要填寫進出境備案清單,，進入備案程序,。

2,、進出區(qū)報關,。貨物在進出區(qū)時，要根據(jù)不同的情況進入不同的報關程序,。

（1）進出區(qū)貨物。各種保稅進口的料件和用這些料件生產(chǎn)的成品和半成品進區(qū)時,，要報出口，要提交《加工貿(mào)易登記手冊》,，填寫出口報關單，并提供有關的許可證件,。海關不簽發(fā)出口退稅報關單,。

貨物出區(qū)時，則要報進口,，按貨物不同的流向填寫不同的進口貨物報關單。貨物出區(qū)進入國內(nèi)市場,，按一般進口貨物進行報關，填寫一般進口貨物報關單,，并提供相關的許可證件。采用進口料件制成的成品和半成品,，要根據(jù)所含進口料件的比例繳納進口稅。貨物出區(qū)用于加工貿(mào)易的,，按保稅貨物進行報關，要填寫加工貿(mào)易報關單,，提交《加工貿(mào)易登記手冊》,，按照已經(jīng)批準的保稅額度進行保稅,。貨物出區(qū)給享受特定減免稅企業(yè)使用時，要采用特定減免稅的報關程序,，當事人要提供《進口免征稅證明》以及相關的許可證件,，免繳進口稅。

（2）進出區(qū)外發(fā)加工,。外發(fā)加工是指加工貿(mào)易企業(yè)出口產(chǎn)品生產(chǎn)的某一環(huán)節(jié)由其他企業(yè)代為加工的業(yè)務,。保稅區(qū)企業(yè)的外發(fā)加工分為出區(qū)外發(fā)加工和進區(qū)外發(fā)加工兩種情況，兩者的開展均需經(jīng)過主管海關的批準,。

進區(qū)進行外發(fā)加工的,，要持外發(fā)加工合同向保稅區(qū)海關備案。加工出區(qū)后要進行核銷,，但不進入進出境的報關程序,，即不填寫進出口報關單，不繳納稅費,。

出區(qū)進行外發(fā)加工的，則須由區(qū)外企業(yè)在當?shù)睾ｊP辦理備案手續(xù),，進入加工貿(mào)易合同備案程序,，包括臺賬程序，加工的期限最長為半年。情況特殊的,，經(jīng)海關批準，可以延長,，但延長的最長期限為半年,。備案后,，進入加工貨物出區(qū)的報關程序,。

（3）設備進出區(qū),。設備進區(qū)時，無論是施工還是投資所用,，均要向保稅區(qū)海關提交設備清單進行備案,，但不進入報關程序，不繳納出口稅,，海關也不簽發(fā)出口退稅報關單,。即便設備是國外進口設備并已征進口稅的,，也不退進口稅。設備出區(qū)時,，也不進入報關程序,，由保稅區(qū)海關憑設備清單核銷結案。

二,、保稅區(qū)貨物的報關要點

1,、除特殊貨物外，不實行配額,、許可證管理,。保稅區(qū)與境外之間進出的貨物，一般不實行進出口配額,、許可證管理,，也不需提供許可證。但一些特殊的商品和貨物則需受到配額和許可證的限制,，這主要包括：實行出口被動配額管理的商品,、易制毒化學品,、能夠制造化學武器的化工品,、消耗臭氧層物質(zhì)以及廢紙等國家規(guī)定的特殊貨物。

2,、不實行銀行保證金臺賬制度,，加工料件全額保稅。在保稅區(qū)進行加工貿(mào)易,，有些方面是要受到國家管制的,，如國家明令禁止進出口的貨物是不準開展加工貿(mào)易的，而有些貨物的加工也需要有許可證或主管部門的批準,。但在保稅區(qū)進行加工貿(mào)易時不實行銀行保證金臺賬制度,，加工單位不需繳納保證金，加工料件可以享受全額保稅的便利,。

3,、從區(qū)外進入保稅區(qū)的貨物，按照出口貨物辦理手續(xù),。貨物從區(qū)外進入保稅區(qū)，相當于貨物的離境出口,，需要辦理貨物的出口手續(xù)。企業(yè)在辦結海關出口手續(xù)后,，可辦理結匯,、外匯核銷,、加工貿(mào)易核銷等手續(xù),。但出口退稅則必須在貨物實際報關離境后,，才能辦理。

4,、轉(zhuǎn)口貨物可以在保稅區(qū)進行簡單的加工,。保稅區(qū)內(nèi)的轉(zhuǎn)口貨物可以在區(qū)內(nèi)的倉庫等地進行分級,、挑選、刷貼標志,、改換包裝形式等簡單加工,。