• 【發(fā)布單位】國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局
• 【發(fā)布文號(hào)】國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局局長令第15號(hào)
• 【發(fā)布日期】2001-11-01
• 【生效日期】2001-11-01
• 【失效日期】--
• 【文件來源】
• 【所屬類別】國家法律法規(guī)

國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局局長令

國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局局長令
 
（第15號(hào)）
 根據(jù)中國專利行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)在制定中要為社會(huì)公眾服務(wù),、為國家宏觀決策服務(wù)、為行業(yè)管理部門管理服務(wù)的指導(dǎo)思想,，依據(jù)
專利法實(shí)施細(xì)則第
18條第4款的規(guī)定,，特制定《核苷酸和／或氨基酸序列表和序列表電子文件標(biāo)準(zhǔn)》，現(xiàn)予公布,，自二00一年十一月一日起施行,。



 局長

 二00一年十一月一日

 核苷酸和／或氨基酸序列表

 和序列表電子文件標(biāo)準(zhǔn)





 1．總則
  根據(jù)
專利法實(shí)施細(xì)則第
18條第4款的規(guī)定，包含一個(gè)或多個(gè)核苷酸或者氨基酸序列的發(fā)明專利申請(qǐng),，說明書中應(yīng)當(dāng)包括符合國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局專利局規(guī)定的序列表,，并按照國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局專利局的規(guī)定提交含有該序列表的計(jì)算機(jī)可讀形式的副本。

 為了使提交的紙件形式的核苷酸和／或氨基酸序列表及計(jì)算機(jī)可讀形式的含有該序列表的電子文件規(guī)范化,，以利于申請(qǐng)人提交,；也為了使序列表電子文件可以快捷地輸入國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局專利局的計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)庫，并與其它的序列檢索數(shù)據(jù)庫交換數(shù)據(jù),，以利于公眾檢索,；同時(shí)也利于專利局審查員加快審查，更好地為申請(qǐng)人服務(wù),；特制定本標(biāo)準(zhǔn),。



 2．適用范圍
  本標(biāo)準(zhǔn)適用于所有向國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局專利局提交的包含核苷酸和／或氨基酸序列的發(fā)明專利申請(qǐng)，具體地說,，適用于該申請(qǐng)?zhí)峤坏募埣问降暮塑账岷停虬被嵝蛄斜?，以及含有核苷酸和／或氨基酸序列表的?jì)算機(jī)可讀形式的序列表電子文件,。



 3．術(shù)語和定義
  在本標(biāo)準(zhǔn)中，采用下面術(shù)語和定義：

 （1）序列表：是指以紙件形式提交的專利申請(qǐng)說明書的一部分,，它公開了核苷酸和／或氨基酸序列的詳細(xì)內(nèi)容和其它有用信息,。序列表中的序列是不少于10個(gè)核苷酸的非支鏈核苷酸序列，或者是不少于4個(gè)氨基酸的非支鏈氨基酸序列,。所述的序列不包括支鏈序列,；不包括具有少于4個(gè)特別定義的核苷酸或氨基酸的序列；也不包括含有列于附錄1之表1－4以外的核苷酸或氨基酸的序列,。

 （2）序列表電子文件：是指包含核苷酸和／或氨基酸序列表的計(jì)算機(jī)可讀形式的純文本文件,。

 （3）核苷酸：只包括附錄1之表1中列出的符號(hào)所表示的核苷酸。附錄1之表2中列出的符號(hào)用于表述核苷酸的修飾形式,，例如甲基化堿基,。對(duì)于核苷酸的修飾形式，不得在核苷酸序列中直接使用表2中的符號(hào)表示,，其具體的表述方式見本標(biāo)準(zhǔn)4．4．7節(jié)（1）和4．4．5節(jié)的內(nèi)容,。

 （4）氨基酸：只包括列于附錄1之表3中的存在于天然蛋白質(zhì)中的Ｌ－氨基酸，不包括Ｄ－氨基酸,。附錄1之表4中列出的符號(hào)用于表述氨基酸的修飾形式，例如羥基化或糖基化形式,。對(duì)于氨基酸的修飾形式,，不得在氨基酸序列中直接使用表4中的符號(hào)表示，其具體的表述方式見本標(biāo)準(zhǔn)4．4．7節(jié)（2）和4．4．5節(jié)的內(nèi)容,。

 （5）序列標(biāo)識(shí)符：對(duì)應(yīng)于序列表中每個(gè)序列的序列標(biāo)識(shí)號(hào)的唯一的正整數(shù),。

 （6）數(shù)字標(biāo)識(shí)符：由尖括號(hào)〈〉括起來的代表特定內(nèi)容數(shù)據(jù)項(xiàng)的三位數(shù)字。

 4．序列表和序列表電子文件中的數(shù)字標(biāo)識(shí)符,、內(nèi)容及其格式：

 在核苷酸和／或氨基酸序列表和序列表電子文件中,，應(yīng)當(dāng)有本標(biāo)準(zhǔn)中指出的數(shù)字標(biāo)識(shí)符，在數(shù)字標(biāo)識(shí)符之后（即在其之右,，必要時(shí)還包括在其下面的若干行）是相應(yīng)的具體內(nèi)容,，它們應(yīng)當(dāng)符合本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定的格式。附錄2給出了一個(gè)說明數(shù)字標(biāo)識(shí)符,、其后內(nèi)容及格式的序列表樣例,。

 序列表和序列表電子文件中包括的數(shù)字標(biāo)識(shí)符及相應(yīng)內(nèi)容和格式具體如下：

 4．1、序列表和序列表電子文件中的著錄項(xiàng)目：

 下面4．1．1－4．1．7節(jié)中的內(nèi)容應(yīng)當(dāng)與專利申請(qǐng)請(qǐng)求書中的相應(yīng)內(nèi)容一致,。

 4．1．1,、申請(qǐng)人的姓名或名稱：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈110〉。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈110〉之后,，是該專利申請(qǐng)的所有申請(qǐng)人的姓名或名稱,。

 外國申請(qǐng)人還應(yīng)當(dāng)在中文譯名之后注明英文姓名或名稱,，并將其用圓括號(hào)括起來。

 4．1．2,、發(fā)明名稱：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈120〉,。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈120〉之后，是該專利申請(qǐng)的發(fā)明名稱,。

 4．1．3,、案卷參考號(hào)：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈130〉。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈130〉之后,，是該專利申請(qǐng)的案卷參考號(hào),；沒有案卷參考號(hào)的，無需包括此項(xiàng)內(nèi)容,。

 4．1．4,、專利申請(qǐng)?zhí)枺浩鋽?shù)字標(biāo)識(shí)符為〈140〉。

 對(duì)于首次提交的專利申請(qǐng),，無需包括此項(xiàng)內(nèi)容,；當(dāng)補(bǔ)交或提交修改時(shí)，在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈140〉之后,，是該專利申請(qǐng)的申請(qǐng)?zhí)枴?
 4．1．5,、專利申請(qǐng)日：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈141〉。

 對(duì)于首次提交的專利申請(qǐng),，無需包括此項(xiàng)內(nèi)容,；當(dāng)補(bǔ)交或提交修改時(shí)，在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈141〉之后,，是該專利申請(qǐng)的申請(qǐng)日,，其格式為：ＹＹＹＹ－ＭＭ－ＤＤ，例如2002－01－18,。

 4．1．6,、優(yōu)先權(quán)號(hào)：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈150〉。

 沒有優(yōu)先權(quán)的專利申請(qǐng),，無需包括此項(xiàng)內(nèi)容,；如果有優(yōu)先權(quán)的話，那么在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈150〉之后,，是該專利申請(qǐng)的優(yōu)先權(quán)號(hào)，其格式為：世界知識(shí)產(chǎn)權(quán)組織（ＷＩＰＯ）標(biāo)準(zhǔn)3（ＳＴ 3）的國家,、地區(qū)和政府間組織代碼＋優(yōu)先權(quán)號(hào),，例如，ＣＮ93112388．7。

 4．1．7,、優(yōu)先權(quán)日：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈151〉,。

 沒有優(yōu)先權(quán)的專利申請(qǐng)，無需包括此項(xiàng)內(nèi)容,；如果有優(yōu)先權(quán)的話,，那么在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈151〉之后，是該專利申請(qǐng)的優(yōu)先權(quán)日,，其格式為：ＹＹＹＹ－ＭＭ－ＤＤ,，例如2001－09－20。

 4．2,、序列表電子文件的軟件版本信息：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈170〉,。

 當(dāng)使用國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局專利局或其它專利組織（例如歐洲專利局）提供的軟件形成核苷酸和／或氨基酸序列表電子文件時(shí)，在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈170〉之后,，是該軟件的名稱與版本號(hào),；未使用所述軟件時(shí)，可以不包含此項(xiàng)內(nèi)容,。

 4．3,、序列表中序列的個(gè)數(shù)：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈160〉。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈160〉之后,，是序列的總數(shù)，即與數(shù)值最大的序列標(biāo)識(shí)符相對(duì)應(yīng)的正整數(shù),。

 4．4,、序列中的各項(xiàng)內(nèi)容：

 4．4．1、序列標(biāo)識(shí)符：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈210〉,。

 在序列表中,，每個(gè)序列應(yīng)當(dāng)有獨(dú)立的,、唯一的序列標(biāo)識(shí)符,，它應(yīng)當(dāng)從1開始并逐一增加。序列標(biāo)識(shí)符表示每個(gè)序列在序列表中的序號(hào),。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈210〉之后,，是與一個(gè)序列相對(duì)應(yīng)的序列標(biāo)識(shí)符。

 在一個(gè)序列標(biāo)識(shí)符之后到下一個(gè)序列標(biāo)識(shí)符之前是該序列的各項(xiàng)具體內(nèi)容,，即下面4．4．2－4．4．7節(jié)的內(nèi)容,。

 在序列表中有多個(gè)序列的情況下，應(yīng)當(dāng)按照序列標(biāo)識(shí)符數(shù)值從小到大的次序逐一填寫每個(gè)序列的各項(xiàng)內(nèi)容,。

 4．4．2,、序列的長度：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈211〉。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈211〉之后,，是以堿基或氨基酸的數(shù)目表示的該序列的長度,。

 4．4．3,、序列的類型：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈212〉。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈212〉之后,，應(yīng)當(dāng)指出該序列的分子類型,，有ＤＮＡ、ＲＮＡ或ＰＲＴ三種類型,。如果核苷酸序列含有ＤＮＡ和ＲＮＡ片段的話,，那么其類型應(yīng)該是ＤＮＡ；另外,，對(duì)于ＤＮＡ／ＲＮＡ的結(jié)合分子,，應(yīng)該在該序列的特征部分（數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈220〉－〈223〉）進(jìn)一步表述。

 4．4．4,、生物體：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈213〉,。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈213〉之后，應(yīng)當(dāng)用中文和拉丁文（拉丁文應(yīng)當(dāng)放在中文之后并用圓括號(hào)括起來,，例如,，草履蟲種（Ｐａｒａｍｅｃｉｕｍ ｓｐ．））注明該序列來源的生物名稱，即科學(xué)命名的生物屬種,；或者是“人工序列”或“未知”,。

 4．4．5、序列中特征部分的內(nèi)容：數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈220〉－〈223〉,。

 本節(jié)涉及到序列中與特征相關(guān)的內(nèi)容的表述,。

 在核苷酸序列（數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈 400〉 ）中含有“ｎ”或修飾的堿基的情況下（參見本標(biāo)準(zhǔn)4．4．7節(jié)（1）的內(nèi)容），或者在氨基酸序列（數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈400〉 ）中含有“Ｘａａ”或修飾的氨基酸或不常用的Ｌ－氨基酸的情況下（

參見本標(biāo)準(zhǔn)4．4．7節(jié)（2）的內(nèi)容）,，必須包括下面（1）－（4）項(xiàng)的內(nèi)容,。

 在生物體（數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈 213〉 ）是“人工序列”或“未知”的情況下，必須包括下面（1）和（4）項(xiàng)的內(nèi)容,。

 在一個(gè)序列中有多個(gè)特征的情況下,，應(yīng)當(dāng)按照這些特征在序列中出現(xiàn)的先后次序逐一地表述每個(gè)特征。

 序列中特征部分的具體內(nèi)容和數(shù)字標(biāo)識(shí)符如下：

 （1）特征：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈220〉,。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈220〉之后,，應(yīng)當(dāng)是空白。

 （2）名稱／關(guān)鍵詞：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈221〉,。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈221〉之后,，是特征名稱或關(guān)鍵詞。使用關(guān)鍵詞表述特征時(shí),，只能使用附錄1之表5或表6中列出的關(guān)鍵詞來表述,。

 （3）位置：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈222〉。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈222〉之后，應(yīng)當(dāng)標(biāo)明特征的位置,，標(biāo)注的方式為：從特征中的第一個(gè)堿基或氨基酸的編號(hào)到特征的最后一個(gè)堿基或氨基酸的編號(hào),，編號(hào)圓括號(hào)括起來，兩個(gè)編號(hào)中間是“．．．”,，例如：（279）．．．（389）,；當(dāng)序列中使用了多個(gè)“ｎ”或“Ｘａａ”時(shí)，應(yīng)當(dāng)標(biāo)明它們的所有位置,，例如：（80,，100，112）,。參見附錄2的序列表樣例,。

 （4）其它信息：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈223〉。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈223〉之后,，應(yīng)當(dāng)表述序列中與特征有關(guān)的其它相關(guān)信息,。在表述修飾的堿基或修飾的氨基酸時(shí)，應(yīng)該用附錄1之表2或表4中給出的符號(hào)來表述,。

 4．4．6,、出版公開信息：數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈300〉－〈312〉。

 出版公開信息是非強(qiáng)制性的內(nèi)容,，在序列表和序列表電子文件中,，可以包含也可以不包含這些內(nèi)容。

 （1）公開出版信息：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈300〉

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈300〉之后,，應(yīng)當(dāng)是空白,。

 （2）作者：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈301〉

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈301〉之后，是該文獻(xiàn)作者的姓名,。

 （3）題目：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈302〉

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈302〉之后,，是出版物中該文獻(xiàn)的題目。

 （4）雜志名稱：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈303〉

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈303〉之后,，是公開出版物的雜志名稱,。

 （5）公開出版物的卷號(hào)：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈304〉

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈304〉之后，是公開出版物的卷號(hào),。

 （6）公開出版物的出版號(hào)：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈305〉

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈305〉之后,，是公開出版物的出版號(hào),。

 （7）頁碼：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈306〉

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈306〉之后,，是該文獻(xiàn)的起始－終止頁碼。

 （8）出版日期：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈307〉

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈307〉之后,，是該公開出版物的出版日期,，其格式為：ＹＹＹＹ－ＭＭ－ＤＤ，例如1999？9,？0,。

 （9）公開出版物的數(shù)據(jù)庫登記號(hào)：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈308〉

 如果該文獻(xiàn)被收入某個(gè)數(shù)據(jù)庫的話，那么在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈308〉之后,，是該文獻(xiàn)在該數(shù)據(jù)庫中的登記號(hào),。

 （10）錄入數(shù)據(jù)庫的日期：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈309〉

 如果該文獻(xiàn)被收入某個(gè)數(shù)據(jù)庫的話，那么在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈309〉之后,，是該文獻(xiàn)錄入該數(shù)據(jù)庫的日期,，其格式為：ＹＹＹＹ－ＭＭ－ＤＤ，例如1999,？9,？0。

 （11）專利公開號(hào)：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈310〉

 如果該公開出版物是專利文獻(xiàn)的話,，那么在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈310〉之后,，是該專利的公開號(hào)，其格式為：世界知識(shí)產(chǎn)權(quán)組織（ＷＩＰＯ）標(biāo)準(zhǔn)3（ＳＴ 3）的國家,、地區(qū)和政府間組織代碼＋標(biāo)準(zhǔn)6（ＳＴ 6）的公開號(hào)＋標(biāo)準(zhǔn)16（ＳＴ 16）的文獻(xiàn)類型,，例如ＣＮ1183117Ａ。

 （12）專利申請(qǐng)日：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈311〉

 如果該公開出版物是專利文獻(xiàn)的話,，那么在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈311〉之后,，是該專利的申請(qǐng)日，其格式為：ＹＹＹＹ－ＭＭ－ＤＤ,，例如1999,？9？0,。

 （13）專利公開日：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈312〉

 如果該公開出版物是專利文獻(xiàn)的話,，那么在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈312〉之后，是該專利的公開日,，其格式為：ＹＹＹＹ－ＭＭ－ＤＤ,，例如1999？9,？0,。

 4．4．7、核苷酸序列和／或氨基酸序列：其數(shù)字標(biāo)識(shí)符為〈400〉,。

 在數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈400〉之后,，是該序列的序列標(biāo)識(shí)符；從下一行開始是該核苷酸和／或氨基酸序列,。

 該序列可以是純核苷酸序列,，或者是純氨基酸序列,，或者是核苷酸序列和與它對(duì)應(yīng)的氨基酸序列。

 （1）純核苷酸序列：

 核苷酸序列應(yīng)當(dāng)只用單鏈表示,，從左到右是5’－末端至3’－末端的方向,，序列中不應(yīng)當(dāng)出現(xiàn)術(shù)語5’和3’。

 應(yīng)當(dāng)用單字母代碼表示核苷酸序列的堿基來表述核苷酸序列的特征,；只能使用與附錄1之表1中給出的符號(hào)相一致的小寫字母來表示,。

 在一個(gè)核苷酸序列中，如果經(jīng)修飾的堿基是附錄1之表2中列出的之一,，那么在該序列本身中,，應(yīng)當(dāng)用未修飾的堿基或“ｎ”來表示該經(jīng)修飾的堿基，符號(hào)“ｎ”等同于唯一的一個(gè)未知的或經(jīng)修飾的核苷酸,；但在該序列的特征部分（數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈220〉－〈223〉）應(yīng)當(dāng)使用附錄1之表2中給出的符號(hào)進(jìn)一步表述該修飾（參見本標(biāo)準(zhǔn)4．4．5節(jié)）,。附錄1之表2中的符號(hào)可以用于說明書或序列的特征部分，但不得用于序列本身,。

 核苷酸序列中堿基的編號(hào)開始于序列中的第1個(gè)堿基,，并從5’到3’方向連續(xù)地計(jì)數(shù)。該計(jì)數(shù)方法也用于構(gòu)型為環(huán)狀的核苷酸序列,，在這種情況下，申請(qǐng)人可任意指定序列的第一個(gè)核苷酸,。

 來自大序列的一個(gè)或更多非鄰接區(qū)段或來自不同序列的區(qū)段組成的核苷酸序列,，應(yīng)當(dāng)作為帶有單獨(dú)序列標(biāo)識(shí)符的單獨(dú)序列來計(jì)數(shù)。帶有一個(gè)缺口或多個(gè)缺口的序列應(yīng)當(dāng)作為帶有單獨(dú)序列標(biāo)識(shí)符的多個(gè)單獨(dú)序列來計(jì)數(shù),，而單獨(dú)序列的數(shù)目與序列數(shù)據(jù)的連續(xù)序列的數(shù)目相同,。

 核苷酸序列每行最多60個(gè)核苷酸堿基，每10個(gè)核苷酸堿基后空一格,。該行的最后是該行最后一個(gè)堿基的編號(hào),。

 （2）純氨基酸序列：

 對(duì)于氨基酸序列，蛋白質(zhì)或肽序列中的氨基酸應(yīng)當(dāng)從左到右以氨基到羧基的方向列出,；序列中不應(yīng)當(dāng)出現(xiàn)氨基或羧基基團(tuán),。

 氨基酸應(yīng)當(dāng)使用與附錄1之表3中的符號(hào)相一致的、第一個(gè)字母大寫的三字母符號(hào)表示,。有空白或內(nèi)部中止符號(hào)（例如“Ｔｅｒ”或“＊”或“?”）的氨基酸序列不應(yīng)當(dāng)表示為單個(gè)氨基酸序列,，而應(yīng)當(dāng)作為獨(dú)立的氨基酸序列分別列出。

 在一個(gè)氨基酸序列中,，如果經(jīng)修飾的氨基酸是附錄1之表4中列出的氨基酸之一,，那么在該序列本身中，應(yīng)當(dāng)用相應(yīng)的未經(jīng)修飾的氨基酸或“Ｘａａ”來表示該經(jīng)修飾的和不常用的氨基酸,，符號(hào)“Ｘａａ”等同于唯一的一個(gè)未知的或經(jīng)修飾的氨基酸,；但在該序列的特征部分（數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈220〉－〈223〉），應(yīng)當(dāng)使用附錄1之表4中給出的符號(hào)進(jìn)一步表述該修飾（參見本標(biāo)準(zhǔn)4．4．5節(jié)）,。附錄1之表4中的符號(hào)可以用于說明書或序列的特征部分,，但不得用于序列本身。

 氨基酸的編號(hào)開始于序列中的第1個(gè)氨基酸,，以數(shù)字1表示并標(biāo)注在該氨基酸的下面,；以后每隔5個(gè)氨基酸在其下面標(biāo)注上該氨基酸的編號(hào)。當(dāng)成熟蛋白質(zhì)之前存在氨基酸時(shí),，例如對(duì)于前－序列,，原－序列，前－原－序列和信號(hào)序列而言,，可以任選地從與成熟蛋白第一個(gè)氨基酸相鄰的氨基酸開始以負(fù)數(shù)往回編號(hào),。當(dāng)氨基酸編號(hào)使用負(fù)數(shù)以區(qū)分成熟蛋白質(zhì)時(shí)，不得使用數(shù)字0,。上述氨基酸序列的計(jì)數(shù)方法也適用于環(huán)狀構(gòu)型的氨基酸序列,，申請(qǐng)人可以任意指定第一個(gè)氨基酸。

 來自大序列的一個(gè)或更多非鄰接區(qū)段或不同序列的區(qū)段組成的氨基酸序列,，應(yīng)當(dāng)作為具有單獨(dú)序列標(biāo)識(shí)符的單獨(dú)序列來計(jì)數(shù),。具有一個(gè)缺口或多個(gè)缺口的序列應(yīng)當(dāng)作為具有單獨(dú)序列標(biāo)識(shí)符的多個(gè)單獨(dú)序列來計(jì)數(shù)，單獨(dú)序列的數(shù)目與序列數(shù)據(jù)的連續(xù)序列的數(shù)目相同,。

 氨基酸序列每行最多16個(gè)氨基酸,，每個(gè)氨基酸之間空一格。

 （3）核苷酸序列和與它對(duì)應(yīng)的氨基酸序列：

 對(duì)于核苷酸序列和與它對(duì)應(yīng)的氨基酸序列,，對(duì)應(yīng)于其編碼的氨基酸的核苷酸序列的堿基應(yīng)當(dāng)以“三聯(lián)體”密碼子列出,，每個(gè)密碼子之間應(yīng)當(dāng)空一格；對(duì)應(yīng)于核苷酸序列的編碼部分的氨基酸可以直接列于相應(yīng)密碼子的下方,；對(duì)于該氨基酸序列,，應(yīng)當(dāng)在第一個(gè)氨基酸的下面標(biāo)注上編號(hào)1，然后每隔5個(gè)氨基酸在其下面標(biāo)注上該氨基酸的編號(hào),。

 對(duì)于這種核苷酸和其編碼的氨基酸序列的混合形式,，與核苷酸序列相對(duì)應(yīng)的氨基酸序列還應(yīng)當(dāng)以純氨基酸序列的形式另外給出。

 4．5 數(shù)字標(biāo)識(shí)符連同其后內(nèi)容的排列格式

 在本節(jié)中,，“數(shù)字標(biāo)識(shí)符及內(nèi)容”指的是數(shù)字標(biāo)識(shí)符連同其后的相應(yīng)內(nèi)容,。

 數(shù)字標(biāo)識(shí)符及內(nèi)容應(yīng)當(dāng)按照數(shù)字標(biāo)識(shí)符的數(shù)值從小到大的次序排列在序列表中。

 每個(gè)數(shù)字標(biāo)識(shí)符及內(nèi)容之間應(yīng)當(dāng)空一行,，不過在前兩位數(shù)字相同的數(shù)字標(biāo)識(shí)符及內(nèi)容之間,，例如〈210〉到〈213〉之間和〈220〉到〈223〉之間，無需空一行,，但對(duì)于一個(gè)序列中有多個(gè)特征的情況,，在表述每個(gè)特征時(shí),，每個(gè)數(shù)字標(biāo)識(shí)符〈220〉之前應(yīng)當(dāng)空一行。

 對(duì)于序列表中有多個(gè)序列的情況,，數(shù)字標(biāo)識(shí)符及內(nèi)容應(yīng)當(dāng)按照序列標(biāo)識(shí)符的數(shù)值從小到大的次序排列,。在每個(gè)序列中，應(yīng)當(dāng)按照數(shù)字標(biāo)識(shí)符數(shù)值從小到大的次序列出僅僅與該序列有關(guān)的數(shù)字標(biāo)識(shí)符及內(nèi)容,，即排列上從〈210〉到〈400〉的數(shù)字標(biāo)識(shí)符及內(nèi)容,。

 對(duì)于一個(gè)序列中有多個(gè)特征的情況，應(yīng)當(dāng)按照這些特征在序列中出現(xiàn)的先后次序逐一排列從〈220〉到〈223〉的數(shù)字標(biāo)識(shí)符及內(nèi)容,。

 5．序列表電子文件的格式

 5．1,、序列表電子文件是一個(gè)包含上述第4部分的數(shù)字標(biāo)識(shí)符和內(nèi)容，并符合上述第4部分格式要求的純文本文件,；該文件應(yīng)當(dāng)使用中華人民共和國頒布的信息交換用漢字編碼字符集標(biāo)準(zhǔn),。

 5．2、序列表電子文件應(yīng)當(dāng)記錄在ＣＤ－ＲＯＭ光盤或3．5英寸軟盤上提交,，或者按照國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局專利局規(guī)定的其它形式提交,。當(dāng)記錄在ＣＤ－ＲＯＭ光盤上時(shí)，該ＣＤ－ＲＯＭ光盤應(yīng)當(dāng)采用ＩＳＯ9660標(biāo)準(zhǔn)刻錄,；當(dāng)記錄在3．5英寸軟盤上時(shí),，該軟盤應(yīng)當(dāng)符合ＦＡＴ 12格式。該光盤或軟盤的目錄結(jié)構(gòu)如下：在根目錄下,，有且僅有一個(gè)后綴名為“．ＳＥＱ”的純文本文件,。



 6．其它事項(xiàng)
  6．1、申請(qǐng)人應(yīng)當(dāng)保證提交的計(jì)算機(jī)可讀形式的序列表電子文件中的內(nèi)容與紙件形式的序列表完全相同,。

 6．2,、申請(qǐng)人在形成符合本標(biāo)準(zhǔn)的序列表電子文件時(shí)，可以使用國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局專利局提供的序列表編輯軟件來形成,；也可以使用其它專利組織提供的軟件（例如歐洲專利局提供的Ｐａｔｅｎｔｉｎ）來形成,；還可以使用任何純文本文件編輯軟件來形成。無論使用何種軟件,，所形成的電子文件都必須符合本標(biāo)準(zhǔn)的規(guī)定,。

 6．3、當(dāng)申請(qǐng)人以光盤或軟盤的形式提交序列表電子文件時(shí),，應(yīng)當(dāng)在提交的光盤或軟盤上貼有永久性標(biāo)記,，注明申請(qǐng)人姓名或名稱、發(fā)明名稱,、光盤或軟盤中的文件名和提交日期,；申請(qǐng)人委托了代理人的，也可以任選地標(biāo)注上代理機(jī)構(gòu)給該申請(qǐng)的案卷號(hào),。對(duì)于申請(qǐng)人補(bǔ)交或提交修改的情況,，應(yīng)當(dāng)注明申請(qǐng)?zhí)柌⒆⒚鳌把a(bǔ)交”或“修改”,。

 注明申請(qǐng)人姓名或名稱等項(xiàng)內(nèi)容時(shí)，應(yīng)當(dāng)使用本標(biāo)準(zhǔn)中的數(shù)字標(biāo)識(shí)符,，即應(yīng)當(dāng)標(biāo)注上數(shù)字標(biāo)識(shí)符,，并在其后注明具體內(nèi)容，例如：〈110〉××基因開發(fā)有限公司,。注明提交日期的格式為：ＹＹＹＹ－ＭＭ－ＤＤ,。

 當(dāng)序列表電子文件的字節(jié)數(shù)太大不能記錄在一張軟盤上時(shí),，應(yīng)當(dāng)將序列表電子文件記錄在一張光盤上提交,。



 7．頒布和實(shí)施
  本標(biāo)準(zhǔn)由中華人民共和國國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局頒布，自2001年11月1日起實(shí)施,。



 中華人民共和國國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局

 二00一年十一月一日




 附錄1 核苷酸和氨基酸符號(hào)和特征關(guān)鍵詞表





 表1 核苷酸表



┌───┬──────────────────┬───────────┐
│ 符號(hào) │ 含義 │ 名稱的來源 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ a │ A │ 腺嘌呤 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ g │ G │ 鳥嘌呤 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ c │ C │ 胞嘧啶 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ t │ T │ 胸腺嘧啶 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ r │ g或a │ 嘌呤 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ y │ t/u或c │ 嘧啶 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ m │ a或c │ 氨基 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ k │ g或t/u │ 酮基 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ s │ g或c │ 弱作用 │
│ │ │ 3H鍵 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ w │ a或t/u │ 強(qiáng)作用 │
│ │ │ 2H鍵 │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ b │ g或c或t/u │ 非a │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ d │ a或g或t/u │ 非c │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ h │ a或c或t/u │ 非g │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ v │ a或g 或c │ 非t,非u │
├───┼──────────────────┼───────────┤
│ n │ a或g或c或t/u,，未知，或其它 │ 任何 │
└───┴──────────────────┴───────────┘






 表2  經(jīng)修飾的核苷酸表



┌────┬─────────────────────────────┐
│ 符號(hào) │ 含義 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ ac4c │4－乙酰胞苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ chm5u │5－（羧羥甲基）尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ cm │2'－O－甲基胞苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│cmnm5s2u│5－羧甲基氨甲基－2－硫代尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ cmnm5u │5－羧甲基氨甲基尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ d │二氫尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ fm │2'－O－甲基假尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ gal q │β,，D－半乳糖Q核苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ gm │2'－O－甲基鳥苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ i │肌苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ i6a │Ｎ6－異戊烯基腺苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mla │1－甲基腺苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mlf │1－甲基假尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mlg │1－甲基腺苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mli │1－甲基肌苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ m22g │2'2－二甲基腺苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ m2a │2－甲基腺苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ m2g │2－甲基鳥苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ m3c │3－甲基胞苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ m5c │5－甲基胞苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ m6a │Ｎ6－甲基腺苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ m7g │7－甲基鳥苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mam5u │5－甲基氨基甲基尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│mam5s2u │5－甲氧基氨基甲基－2－硫代尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ man q │β,，D－甘露糖Q核苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│mcm5s2u │5－甲氧基羰基甲基－2－硫代尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mcm5u │5－甲氧基羰基甲基尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mo5u │5－甲氧基尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ ms2i6a │2－硫代甲基－Ｎ6－異戊烯基腺苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ ms2t6a │Ｎ－（（9－β－Ｄ－呋喃核糖基－2－硫代甲基嘌呤－6－Ｙ │
│ │Ｙl）氨基甲酰）蘇氨酸 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mt6a │Ｎ－（（9－β－Ｄ－呋喃核糖嘌呤－6－yl）N－甲基氨基甲酰 │
│ │）蘇氨酸 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ mv │尿苷－5－氧化乙酸－甲基酯 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ o5u │尿苷－5－氧化乙酸 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ osyw │Wybutoxosine │
├────┼─────────────────────────────┤
│ p │假尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ q │Q核苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ s2c │2－硫代胞苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ s2t │5－甲基－2硫代尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ s2u │2－硫代尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ s4u │4－硫代尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ t │5－甲基尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ t6a │Ｎ－（（9－β－Ｄ－呋喃核糖嘌呤－6－基）－氨基甲酰）蘇氨│
│ │酸 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ tm │2'－Ｏ－甲基－5－甲基尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ um │2'－Ｏ－甲基尿苷 │
├────┼─────────────────────────────┤
│ yw │Wybutosine │
├────┼─────────────────────────────┤
│ x │3－（3－氨基－3－羧基－丙其）尿苷，（acp3）u │
└────┴─────────────────────────────┘






 表3 三字母表示的氨基酸表



┌──────────────┬───────────────────┐
│ 符號(hào) │ 含義 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Ala │ 丙氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Cys │ 半胱氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Asp │ 天冬氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Glu │ 谷氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Phe │ 苯丙氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Gly │ 甘氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ His │ 組氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Ile │ 異亮氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Lys │ 賴氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Leu │ 亮氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Met │ 蛋氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Asn │ 天冬酰酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Pro │ 脯氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Gln │ 谷氨酰胺 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Arg │ 精氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Ser │ 絲氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Thr │ 蘇氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Val │ 纈氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Trp │ 色氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Tyr │ 酪氨酸 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Asx │ 天冬氨酸或天冬酰胺 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Glx │ 谷氨酸或谷氨酰胺 │
├──────────────┼───────────────────┤
│ Xaa │ 未知或其它 │
└──────────────┴───────────────────┘






 表4 經(jīng)修飾的和不常用的氨基酸表



┌─────────────┬────────────────────┐
│ 符號(hào) │ 含義 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Aad │2－氨基已二酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ bAad │3－氨基已二酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ bAla │β一丙氨酸,，β一氨基丙酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Abu │2－氨基丁酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ 4Abu │4－氨基丁酸,，哌啶酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Acp │6－氨基已酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Ahe │2－氨基庚酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Aib │2－氨基異丁酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ bAib │3－氨基異丁酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Apm │2－氨基庚二酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Dbu │2，4二氨基丁酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Des │賴氨素 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Dpm │2,，2'－二氨基庚二酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Dpr │2,，3－二氨基丙酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ EtGly │Ｎ－乙基甘氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ EtAsn │Ｎ－乙基天冬氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Hyl │羥基賴氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ aHyl │別－羥基賴氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ 3Hyp │3－羥基脯氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ 4Hyp │4－羥基脯氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Ide │異賴氨素 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ aIle │別－異亮氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ MeGly │Ｎ－甲基甘氨酸，肌氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ MeIle │Ｎ－甲基異亮氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ MeLys │6－Ｎ－甲基賴氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ MeVal │Ｎ－甲基纈氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Nva │正纈氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Nle │正亮氨酸 │
├─────────────┼────────────────────┤
│ Orn │鳥氨酸 │
└─────────────┴────────────────────┘






 表5 與核苷酸序列相關(guān)的特征關(guān)鍵詞表



┌─────────┬───────────────────────────┐
│ 關(guān)鍵詞 │ 說明 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ allele │相關(guān)的個(gè)體或菌株含有相同基因的穩(wěn)定的其它形式,，該形式區(qū)│
│ │別于這一位置的現(xiàn)有的序列(和或許其它序列) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ attenuator │存在調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄的終止的DNA區(qū)域,，它控制了一些細(xì)菌操縱子的 │
│ │表達(dá)； │
│ │(2)位于啟動(dòng)子和第一個(gè)結(jié)構(gòu)基因之間,，引起轉(zhuǎn)錄的部分終止 │
│ │的序列區(qū)段 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ C_region │免疫球蛋白輕和重鏈的恒定區(qū),，和T-細(xì)胞受體α，β,，和γ鏈│
│ │,；根據(jù)特定的鏈可包括一個(gè)或多個(gè)外顯子 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ CAAT_signal │CAAT盒；位于可能參與RNA聚合酶結(jié)合的真核生物轉(zhuǎn)錄單位的 │
│ │起始點(diǎn)的75bp上游的保守序列的一部分,；共有序列=GG(C或T) │
│ │CAATCT │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ CDS │編碼序列,；對(duì)應(yīng)于蛋白質(zhì)中的氨基酸序列的核苷酸的序列(位 │
│ │置包括終止密碼子)；特征包括氨基酸概念上的翻譯 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ Conflict │在這一位點(diǎn)或區(qū)域,，單獨(dú)確定的“相同”序列有所不同 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ D-loop │置換環(huán),；線粒體DNA內(nèi)的一個(gè)區(qū)域，其中RNA的短的序列與DNA │
│ │的一條鏈配對(duì),，代替了這一區(qū)域的原始配對(duì)DNA鏈,；也用于說 │
│ │明在RecA蛋白質(zhì)催化的反應(yīng)中,，侵入的單鏈替代雙鏈DNA的一 │
│ │條鏈的區(qū)域 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ D-segment │免疫球蛋白重鏈的多變區(qū),，和T-細(xì)胞受體的β鏈 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ Enhancer │順式-作用序列,，它增強(qiáng)了(一些)真核生物啟動(dòng)子的作用并能 │
│ │在任一方向和與啟動(dòng)子相關(guān)的任何位置處(上游或下游)起作用│
├─────────┼───────────────────────────┤
│ Exon │編碼剪接mRNA部分的基因組區(qū)域；可以含有5'UTR,，所有CDS,，│
│ │和3'UTR │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ GC_signal │GC盒,；位于真核生物轉(zhuǎn)錄單位起始點(diǎn)上游的保守的富含GC區(qū)域│
│ │，可以以多重拷貝或任一方向存在,；共有序列=GGGCGG │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ gene │鑒定為基因的生物學(xué)意義的區(qū)域,，并已經(jīng)指定名稱始點(diǎn)上游的│
│ │保守的富含GC區(qū)域，可以以多重拷貝或任一方向存在,；共有序│
│ │列=GGGCGG │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ iDNA │間插DNA,；通過幾種重組中的任何一種能被消除的DNA │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ intron │被轉(zhuǎn)錄的DNA區(qū)段，但通過同時(shí)剪接位于其兩側(cè)的序列(外顯子│
│ │)即可從轉(zhuǎn)錄本內(nèi)部將其除去 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ J_segment │免疫球蛋白輕鏈和重鏈的連接區(qū)段,，和T-細(xì)胞受體α,，β和γ│
│ │鏈 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ LTR │長的末端重復(fù)，在確定序列的兩端直接重復(fù)的序列,，類型典型│
│ │地見于逆轉(zhuǎn)錄病毒中 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ mat_peptide │成熟的肽或蛋白質(zhì)的編碼序列,；翻譯后修飾之后成熟的或最終│
│ │的肽或蛋白質(zhì)產(chǎn)物的編碼序列；位置不包括終止密碼子(與相 │
│ │應(yīng)的CDS不同) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ misc_binding │不能用任何其它Binding關(guān)鍵詞(primer_bind或protein_bind)│
│ │表述的與另一個(gè)組成成分共價(jià)或非-共價(jià)結(jié)合的核酸中的位點(diǎn) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ misc_difference │特征序列與記載中存在的有所不同,，并且不能用任何其它不同│
│ │關(guān)鍵詞(conflict,，unsure，old_sequence,，mutation,， │
│ │variation，allele或modified_base)表述 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ misc_feature │不能用任何其它的特征關(guān)鍵詞表述的具有生物學(xué)意義的區(qū)域,；│
│ │新的或少見的特征 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ misc_recomb │任何一般性的,，位點(diǎn)特異性的或復(fù)制的重組事件的位點(diǎn)，該位│
│ │點(diǎn)中有不能用其它重組關(guān)鍵詞(iDNA和virion)或來源關(guān)鍵詞的│
│ │修飾詞(/transposon,，/proviral)表述的雙螺旋DNA的斷裂和 │
│ │愈合 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ misc_RNA │不能用其他RNA關(guān)鍵詞(prim_transcript,，precursor_RNA， │
│ │mRNA,，5'clip,，3'clip，5'UTR,，3'UTR,，exon，CDS，sig_ │
│ │peptide,，transit__ __peptide,，mat_peptide，intron,， │
│ │polyA_site,，rRNA，tRNA,，scRNA和snRNA)限定的任何轉(zhuǎn)錄本 │
│ │或RNA產(chǎn)物 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ misc_signal │含有控制或改變基因功能或表達(dá)之信號(hào)的任何區(qū)域,，所述信號(hào)│
│ │不能用其他Signal關(guān)鍵詞(promoter，CAAT_signal,，TATA_ │
│ │signal,，-35_signal，10_signal,，GC_signal,，RBS,，polyA_ │
│ │signal,，enhancer，attenuator,，terminator,，和rep_ │
│ │origin)表述 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ misc_structure │不能用其他Structure關(guān)鍵詞(stem_loop和D-loop)表述的任何│
│ │二級(jí)或三級(jí)結(jié)構(gòu)或構(gòu)象 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ modified_base │被指示的核苷酸是經(jīng)修飾的核苷酸，并應(yīng)由被指示的分子(在 │
│ │mod_base修飾詞意義中給出)所取代 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ mRNA │信使RNA,；包括5'非翻譯區(qū)(5'UTR),，編碼序列(CDS，外顯子) │
│ │和3'非翻譯區(qū)(3'UTR) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ mutation │在此位置處,，相關(guān)品系的序列中具有突然的,，可遺傳的變化 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ N_region │在重排的免疫球蛋白區(qū)段之間插入的額外的核苷酸 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ Old_sequence │在此位置處，所表述的序列修改了此序列以前的版本 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ PolyA_signal │聚腺苷酸化之后內(nèi)切核酸酶裂解RNA轉(zhuǎn)錄本所必需的識(shí)別區(qū)域 │
│ │,；共有序列＝AATAAA │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ PolyA_site │RNA轉(zhuǎn)錄本上的位點(diǎn),，通過轉(zhuǎn)錄后聚腺苷酸化該位點(diǎn)將被加上 │
│ │腺嘌呤殘基 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ Precursor_RNA │仍不是成熟的RNA產(chǎn)物的任何RNA種類；可包括5'剪切區(qū)(5' │
│ │clip),，5'非翻譯區(qū)(5'UTR),，編碼序列(CDS，外顯子),，間插 │
│ │序列(內(nèi)含子),，3'非翻譯區(qū)(3'UTR)，和3'剪切區(qū)(3'clip) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ prim_transcript │初級(jí)(最初的,，未加工的)轉(zhuǎn)錄本,；包括5'剪切區(qū)(5'clip)，│
│ │5'非翻譯區(qū)(5'UTR)，編碼序列(CDS,，外顯子),，間插序列 │
│ │(內(nèi)含子)，3'非翻譯區(qū)(3'UTR)和3'剪切區(qū)(3'clip) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ prim_bind │起始復(fù)制,，轉(zhuǎn)錄或逆轉(zhuǎn)錄的非－共價(jià)的引物結(jié)合位點(diǎn),；包括合│
│ │成的例如PCR引物元件的位點(diǎn) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ Promoter │參與RNA聚合酶的結(jié)合以啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的DNA分子區(qū)域 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ protein_bind │核酸上非－共價(jià)的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ RBS │核糖體結(jié)合位點(diǎn) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ repeat_region │含有重復(fù)單位的基因組區(qū)域 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ repeat_unit │單個(gè)重復(fù)元件 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ rep_origin │復(fù)制起點(diǎn)；復(fù)制核酸以得到兩個(gè)相同拷貝的起始位點(diǎn) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ RRNA │成熟的核糖體RNA,；將氨基酸裝配成蛋白質(zhì)的核糖核蛋白顆粒 │
│ │(核糖體)中的RNA成份 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ S_region │免疫球蛋白重鏈的開關(guān)區(qū),；它參與重鏈DNA的重排，導(dǎo)致來自 │
│ │相同B－細(xì)胞的不同免疫球蛋白類的表達(dá) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ Satellite │短的基本重復(fù)單位的很多串聯(lián)重復(fù)(相同或相關(guān)的),；大多數(shù)具│
│ │有的堿基組成或其它性質(zhì)與基因組的一般水平不同,，這使得它│
│ │們與大部分(主帶)的基因組DNA分離開來 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ ScRNA │小的細(xì)胞質(zhì)RNA；幾個(gè)小的細(xì)胞質(zhì)ＲＮＡ分子中的任何一個(gè)存 │
│ │在于真核生物的細(xì)胞質(zhì)和(有時(shí))核中 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ sig_peptide │信號(hào)肽編碼序列,；被分泌的蛋白質(zhì)的Ｎ－末端結(jié)構(gòu)域的編碼序│
│ │列,；此結(jié)構(gòu)域涉及新生多肽與膜的結(jié)合；前導(dǎo)序列 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ SnRNA │小的核RNA,；很多小的RNA種類中的任何一個(gè)都被局限于核中,；│
│ │幾個(gè)snRNA參與剪接或其它RNA加工反應(yīng) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ source │鑒定序列中特定范圍的生物來源；此關(guān)鍵詞是強(qiáng)制性的,；每一│
│ │項(xiàng)至少要有一個(gè)跨越整個(gè)序列的單一來源關(guān)鍵詞,；每個(gè)序列可│
│ │允許有一個(gè)以上的來源關(guān)鍵詞 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ stem_loop │發(fā)卡結(jié)構(gòu)；由RNA或DNA單鏈的相鄰(反向)互補(bǔ)序列之間的堿基│
│ │一配對(duì)形成的雙螺旋區(qū)域 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ STS │序列標(biāo)記位點(diǎn)：表述基因組上作圖界標(biāo)并能通過PCR檢測(cè)的短 │
│ │的,，單拷貝DNA序列,；通過測(cè)定STS系列的次序即可作出圖譜的│
│ │基因組區(qū)域 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ TATA_signal │TATA盒；Goldberg-Hogness盒,；在每個(gè)真核生物RNA聚合酶Ⅱ │
│ │轉(zhuǎn)錄單位起點(diǎn)前約25bp處發(fā)現(xiàn)的保守的富含AT的七聚體,，它可│
│ │能涉及使酶定位以正確地起始；共有序列＝TATA(Ａ或Ｔ)Ａ( │
│ │Ａ或Ｔ) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ terminator │或者位于轉(zhuǎn)錄本的末端或者與啟動(dòng)子區(qū)域相鄰的DNA序列,，該 │
│ │序列可導(dǎo)致RNA聚合酶終止轉(zhuǎn)錄,；也可以是阻抑蛋白的結(jié)合位 │
│ │點(diǎn) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ transit_peptide │轉(zhuǎn)運(yùn)肽編碼序列；核編碼的細(xì)胞器蛋白質(zhì)Ｎ－末端結(jié)構(gòu)域的編│
│ │碼序列,；此結(jié)構(gòu)域參與將蛋白質(zhì)翻譯后運(yùn)送到細(xì)胞器中 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ tRNA │成熟的轉(zhuǎn)移RNA,，小的RNA分子(75－85個(gè)堿基長)，介導(dǎo)核酸序│
│ │列翻譯成氨基酸序列 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ unsure │作者不能確定此區(qū)域的準(zhǔn)確序列 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ V_region │免疫球蛋白輕鏈和重鏈的可變區(qū),，和Ｔ－細(xì)胞受體α,，β和γ│
│ │鏈；編碼可變的氨基末端部分,；可由V＿segment,，D_segment │
│ │N_region和J_segment組成 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ V_segment │免疫球蛋白輕鏈和重鏈的可變區(qū)段,，和T －細(xì)胞受體α，β和│
│ │γ鏈,；編碼大多數(shù)可變區(qū)(v_region)和前導(dǎo)肽的最后幾個(gè)氨基│
│ │酸 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ variation │含有來自相同基因的穩(wěn)定突變的相關(guān)系列(例如RFLP,，多態(tài)性 │
│ │等)，在此(和可能其它)位置處所述相同基因與被表述的不同 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ 3’clip │在加工過程中被切下的前體轉(zhuǎn)錄本3'端大部分區(qū)域 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ 3’UTP │不被翻譯成蛋白質(zhì)的成熟轉(zhuǎn)錄本的3'末端區(qū)域(終止密碼子之│
│ │后) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ 5’clip │在加工過程中被切下的前體轉(zhuǎn)錄本5'端大部分區(qū)域 │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ 5’UTP │不被翻譯成蛋白質(zhì)的成熟轉(zhuǎn)錄本的5'末端區(qū)域(起始密碼子之│
│ │前) │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ _ 10 _signal │Pribnow盒,；細(xì)菌轉(zhuǎn)錄單位起點(diǎn)上游約10bp處的保守區(qū)域,，它 │
│ │可能參與結(jié)合RNA聚合酶；共有序列=TatAaT │
├─────────┼───────────────────────────┤
│ _ 35 _signal │細(xì)菌轉(zhuǎn)錄單位起點(diǎn)上游約35bp處的保守六聚體,；共有序列 │
│ │=TTGACa[]或TGTTGACA[] │
└─────────┴───────────────────────────┘






 表6 與蛋白質(zhì)序列相關(guān)的特征關(guān)鍵詞表



┌────────┬─────────────────────────┐
│ 關(guān)鍵詞 │ 說明 │
├────────┼─────────────────────────┤
│CONFLICT │不同的論文報(bào)道了不同的序列 │
├────────┼─────────────────────────┤
│VARIANT │作者報(bào)道存在序列變體 │
├────────┼─────────────────────────┤
│VARSLIC │由可選擇的剪接產(chǎn)生的序列變體的表述 │
├────────┼─────────────────────────┤
│MUTAGEN │經(jīng)實(shí)驗(yàn)操作已改變的位點(diǎn) │
├────────┼─────────────────────────┤
│MOD_RES │殘基的翻譯后修飾 │
├────────┼─────────────────────────┤
│ACETYLATION │N－末端或其它 │
├────────┼─────────────────────────┤
│AMIDATION │通常位于成熟的活性肽的C－末端 │
├────────┼─────────────────────────┤
│BLOCKED │不能被測(cè)定的N－或C－末端封閉基團(tuán) │
├────────┼─────────────────────────┤
│FORMYLATION │N－末端甲硫氨酸的 │
├────────┼─────────────────────────┤
│GAMMA-CARBOXY- │天冬酰胺,，天冬氨酸，脯氨酸或賴氨酸的 │
│GLUTAMIC ACID │ │
│HYDROXYLATION │ │
├────────┼─────────────────────────┤
│METHYLATION │通常為賴氨酸或精氨酸的 │
├────────┼─────────────────────────┤
│PHOSPHORYLATION │絲氨酸,，蘇氨酸,，酪氨酸，天冬氨酸或組氨酸的 │
├────────┼─────────────────────────┤
│PYRROLIDONE │已形成內(nèi)部環(huán)內(nèi)酰胺的N－末端谷氨酸 │
│CARBOXYLICACID │ │
├────────┼─────────────────────────┤
│SULFATATION │通常為酪氨酸的 │
├────────┼─────────────────────────┤
│LIPID │脂質(zhì)組成成分的共價(jià)結(jié)合 │
├────────┼─────────────────────────┤
│MYRISTATE │通過酰胺鍵與蛋白質(zhì)成熟形式的N－末端甘氨酸殘基或內(nèi) │
│ │部的賴氨酸殘基結(jié)合的豆蔻酸基團(tuán) │
├────────┼─────────────────────────┤
│PALMITATE │通過硫酯鍵與半胱氨酸殘基或通過酯鍵與絲氨酸或蘇氨酸│
│ │殘基結(jié)合的棕櫚酸基團(tuán) │
├────────┼─────────────────────────┤
│FARNESYL │通過硫酯鍵與半胱氨酸殘基結(jié)合的法尼基 │
├────────┼─────────────────────────┤
│GERANYL-GERANYL │通過硫酯鍵與半胱氨酸殘基結(jié)合的香葉基－香葉基基團(tuán) │
├────────┼─────────────────────────┤
│GPI_ANCHOR │與蛋白質(zhì)成熟形式Ｃ－末端殘基的α－羧基相連的糖基－│
│ │磷脂酰肌醇（GPI）基團(tuán) │
├────────┼─────────────────────────┤
│N_ACYL │原核生物脂蛋白成熟形式的N－末端半胱氨酸,，所述脂蛋 │
│DIGLYCERIDE │白具有酰胺－鍵聯(lián)的脂肪酸和通過酯鍵連接了兩個(gè)脂肪酸│
│ │的甘油基 │
├────────┼─────────────────────────┤
│DISULFID │二硫鍵,；“FROM”和“TO”終點(diǎn)表示通過一個(gè)鏈－內(nèi)二硫│
│ │鍵連接的兩個(gè)殘基；如果“FROM”和“TO”終點(diǎn)是完全相│
│ │同的,，則二硫鍵是鏈－間鍵,，而說明書領(lǐng)域示出交聯(lián)的性│
│ │質(zhì) │
├────────┼─────────────────────────┤
│THIOLEST │硫醇酯鍵；“FROM”和“TO”終點(diǎn)表示通過硫醇酯鍵連接│
│ │的兩個(gè)殘基 │
├────────┼─────────────────────────┤
│THIOETH │硫醚鍵,；“FROM”和“TO”終點(diǎn)表示通過硫醚鍵連接的兩│
│ │個(gè)殘基 │
├────────┼─────────────────────────┤
│CARBOHYD │糖基化位點(diǎn),；碳水化物（如果已知）的性質(zhì)在說明書領(lǐng)域│
│ │給出 │
├────────┼─────────────────────────┤
│METAL │金屬離子的結(jié)合位點(diǎn),；說明書領(lǐng)域示出金屬的性質(zhì) │
├────────┼─────────────────────────┤
│BINDING │任何化學(xué)基團(tuán)（輔酶,，輔基，等等）的結(jié)合位點(diǎn),；基團(tuán)的│
│ │化學(xué)性質(zhì)在說明書領(lǐng)域給出 │
├────────┼─────────────────────────┤
│SIGNAL │信號(hào)序列的范圍（前肽） │
├────────┼─────────────────────────┤
│TRANSIT │運(yùn)轉(zhuǎn)肽的范圍（線粒體,，葉綠體或微體） │
├────────┼─────────────────────────┤
│PROPEP │前肽的范圍 │
├────────┼─────────────────────────┤
│CHAIN │成熟蛋白質(zhì)中多肽鏈的范圍 │
├────────┼─────────────────────────┤
│PEPTIDE │被釋放的活性肽的范圍 │
├────────┼─────────────────────────┤
│DOMAIN │序列中感興趣的區(qū)域的范圍；所述區(qū)域的特征在說明書領(lǐng)│
│ │域給出 │
├────────┼─────────────────────────┤
│CA_BIND │鈣－結(jié)合區(qū)域的范圍 │
├────────┼─────────────────────────┤
│DNA_BIND │DNA-－結(jié)合區(qū)域的范圍 │
├────────┼─────────────────────────┤
│NP_BIND │核苷酸磷酸酯結(jié)合區(qū)域,；核苷酸磷酸酯的特征示于說明書│
│ │領(lǐng)域 │
├────────┼─────────────────────────┤
│TRANSMEM │轉(zhuǎn)膜區(qū)域的范圍 │
├────────┼─────────────────────────┤
│ZN_FING │鋅指區(qū)域的范圍 │
├────────┼─────────────────────────┤
│SIMILAR │與另一個(gè)蛋白質(zhì)序列具有相似性的區(qū)域,；與那個(gè)序列有關(guān)│
│ │的精確的資料在說明書領(lǐng)域給出 │
├────────┼─────────────────────────┤
│REPEAT │內(nèi)部序列重復(fù)的范圍 │
├────────┼─────────────────────────┤
│HELIX │二級(jí)結(jié)構(gòu)；螺旋,，例如α－螺旋,，3（10）螺旋，或Pi- │
│ │螺旋 │
├────────┼─────────────────────────┤
│STRAND │二級(jí)結(jié)構(gòu),；β－鏈,，例如氫鍵連接的β－鏈，或分離的β│
│ │－橋中的殘基 │
├────────┼─────────────────────────┤
│TURN │二級(jí)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)角,，例如Ｈ－鍵連的轉(zhuǎn)角（3－轉(zhuǎn)角,，4－轉(zhuǎn)│
│ │角或5－轉(zhuǎn)角） │
├────────┼─────────────────────────┤
│ACT_SITE │涉及酶活性的氨基酸 │
├────────┼─────────────────────────┤
│SITE │序列中任何其它感興趣的位點(diǎn) │
├────────┼─────────────────────────┤
│INIT_MET │已知序列以起始密碼子甲硫氨酸開始 │
├────────┼─────────────────────────┤
│NON_TER │序列末端的殘基不是末端殘基；如果應(yīng)用于位置1，這表│
│ │示第一個(gè)位置不是完整分子的Ｎ－末端,；如果應(yīng)用于最后│
│ │一個(gè)位置,，這表示此位置不是完整分子的Ｃ－末端；對(duì)此│
│ │關(guān)鍵詞沒有說明書領(lǐng)域 │
├────────┼─────────────────────────┤
│NON_CONS │非連串殘基,；表示序列中的兩個(gè)殘基不是連串的,，在它們│
│ │之間有很多末測(cè)序的殘基 │
├────────┼─────────────────────────┤
│UNSURE │序列的不確定性；用于表述不能確定序列排列的序列區(qū)域│
└────────┴─────────────────────────┘





 附錄2： 序列表樣例

<110> ××基因開發(fā)有限公司

<120> 序列表樣例

<160> 3

<170> PatentIn Version 2.1

<210> 1

<211> 389

<212> DNA

<213> 草履蟲種（Paramecium sp.）

<220>

<221> misc_feature

<222> (80,100,112)

<223> n =a或g或c或t

<220>

<221> CDS

<222> (279)...(389)

<400> 1

agctgtagtc attcctgtgt cctcttctct ctgggcttct caccctgcta atcagatctc 60

agggagagtg tcttgacccn cctctgcctt tgcagcttcn caggcaggca gncaggcagc 120

tgatgtggca attgctggca gtgccacagg cttttcagcc aggcttaggg tgggttccgc 180

cgcggcgcgg cggcccctct cgcgctcctc tcgcgcctct ctctcgctct cctctcgctc 240

ggacctgatt aggtgagcag gaggaggggg cagttagc atg gtt tca atg ttc agc 296

Met Val Ser Met Phe Ser

1 5

ttg tct ttc aaa tgg cct gga ttt tgt ttg ttt gtt tgt ttg ttc caa 344

Leu Ser Phe Lys Trp Pro Gly Phe Cys Leu Phe Val Cys Leu Phe Gln

10 15 20

tgt ccc aaa gtc ctc ccc tgt cac tca tca ctg cag ccg aat ctt 389

Cys Pro Lys Val Leu Pro Cys His Ser Ser Leu Gln Pro Asn Leu

25 30 35

<210> 2

<211> 37

<212> PRT

<213> 草履蟲種（Paramecium sp.）

<400> 2

Met Val Ser Met Phe Ser Leu Ser Phe Lys Trp Pro Gly Phe Cys Leu

1 5 10 15

Phe Val Cys Leu Phe Gln Cys Pro Lys Val Leu Pro Cys His Ser Ser

20 25 30

Leu Gln Pro Asn Leu

35

<210> 3

<211> 11

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 根據(jù)大小和極性而設(shè)計(jì),，以用作XYZ蛋白的α和β鏈之間的接頭的肽,。